智因东方合作完成遗传病诊断策略研究——全外联合CNVseq！

      近期，《Frontiers in Genetics》杂志（IF:4.15）刊登了一篇针对罕见神经发育障碍疾病（Neurodevelopmental disorders，NDDs）的分子诊断策略的研究。该研究对54例NDDs患者应用一种联合家系全外显子测序（trioWES）和家系低深度全基因组拷贝数变异测序（trioCNVseq）的检测策略（以下简称“全外联合CNVseq家系”），对致病变异的检出率可达57.4%(31/54)，其中trioWES检出率44.4% (24/54),trioCNVseq检出率达到14.8%(8/54)，约为trio-WES检出率的三分之一。本研究是基于北京智因东方（Chigene）公司的技术平台完成的。

      NDDs是一类有着高度的遗传异质性和表型异质性的疾病，与其相关的致病性基因变异有多种形式，包括大型变异（>100kb以上的CNV）、中型变异（基因内部的外显子缺失或重复）、小型变异（点突变或小的插入缺失）等。全外联合CNVseq检测策略可以囊括大中小多种变异形式，故与trioWES策略相比，能进一步显著提升这类疾病的检出率。

      另外，NDDs的遗传背景存在复杂性，有的患者可能一个人同时存在两种致病基因变异，本研究中就发现一例患者为点突变（借助trioWES检出）和CNV（借助CNVseq检出）均为阳性的案例，即在同一个患者身上同时呈现两种不同形式的致病变异导致的混合表型。对于这种情况，孤立的检测策略，如仅检测trioWES，或仅检测CNVseq（或CMA），即便检出致病变异，仍无法确定该变异是否是全部致病原因，还是协同原因，亦或是无关的发现，仍有可能导致片面的诊断结果，而全外联合CNVseq家系检测策略所检测的范围和变异形式更为全面，有可能揭示一个患者同时存在这两类变异的情况，故有助于解决上述难题。

      关于智因东方

      智因东方（原德易东方）是基因大数据诊断技术的领先企业，基于十年的行业积淀，构建了全球最大的中国人遗传病基因-表型数据库，参与发表了数十篇学术论文，并开创了多个行业第一：

      1) 2009年业内第一家建立线粒体、溶酶体酶活性检测方法。

      2) 2011年，智因东方建立业内首家一代测序方法诊断四千种病的技术平台。

      3) 2013年，业内最先设计并推出一次诊断人类全部四千多种单基因病项目，这个项目后来在2015年在美国开始兴起，叫做临床外显子组（Clinical Exome）。

      4) 2013年，业内最先提出 “生物+遗传+临床特征”的三要素逻辑，为实现“百万挑一、大海捞针”的精准诊断提供了可能。

      5) 2013年，智因东方在业内最先将变异的致病性分成“致病、可能致病、不确定、可能不致病、不致病”这五级来管理，该理念在两年后成为美国ACMG变异致病评级原则的一部分。

      6) 2015年初，业内率先推行家系TrioWES检测模式的公司，而今家系TrioWES用于遗传病诊断已几乎成为国际遗传学界的共识和常识。

      7) 2015年业内首家推出面向医生的遗传病基因数据分析平台——全谱®遗传病精准诊断云平台。这个平台的出现，使得医生、遗传专家互动参与检测分析过程称为可能。利用这个平台，用户可以方便快捷的管理患者的临床表型，并且有可能“分分钟”搞掂基因数据分析。

      8) 2016年业内首家推出遗传病诊断高阳性率整体解决方案——trio（WES+CNVseq），即全外联合CNVseq家系检测策略，可将阳性率理论值从15%提升至50~70% 。

      9) 2017年推出业内首家基于基因-表型大数据的精准诊断体系，实现大数据表型聚类分析。

      10) 2017年业内首家推出基于WES的外显子CNV分析算法，实现NGS全面检测大中小三类变异。

      11) 2018年推出业内首家遗传病极速诊断模式，在保证相对经济性的前提下，将过去需要数月的NGS检测分析周期，缩短到6~10天。

      智因东方（原德易东方）将持续推动遗传病精准诊断的技术创新，提供高效便捷的精准诊断技术工具和服务。

      文章原文：

      (2019) Diagnostic Yields of Trio-WES Accompanied by CNVseq for Rare Neurodevelopmental Disorders. Front. Genet. 10:485. doi: 10.3389/fgene.2019.00485